Một số nhà phê bình của thuyết siêu nhân học cho rằng một vị đã thiên vị đối sự ưu đãi cho người khuyết tật trong việc sử dụng các khái niệm như "sự hạn chế", "tăng cường" và "cải thiện". Một số người cũng tìm hiểu ở thuyết ưu sinh cũ, thuyết tiến hóa xã hội của Darwin và sự cạnh tranh của những loài ưu tú cũng như các chương trình của trước đây cảnh báo về những nguyên nhân xúc tiến công nghệ nâng cao thuyết ưu sinh có thể được khuyến khích trong sự vô ý. Một số khác lo sợ " các cuộc đấu tranh thuyết ưu sinh"trong tương lai như một viễn cảnh xấu nhất: sự trở lại của phân biệt đối xử cưỡng chế di truyền nhà nước bảo trợ và vi phạm nhân quyền, như bắt buộc khử trùng đối với người có khuyết tật di truyền, tiêu diệt các cơ cấu của sự phân biệt chủng tộc, diệt chủng và các loài được đánh giá là hạng thấp kém hơn. Giáo sư luật y tế George Annas và giáo sư luật công nghệ Lori Andrew đều ủng hộ mạnh mẽ cho vấn đề này. Họ nói rằng việc sử dụng công nghệ này có thể dẫn đến cuộc chiến tranh giành đẳng cấp của những phiên bản con người-người siêu nhân (người nhân bản có hình dáng giống họ nhưng thông minh, mạnh khỏe hơn).

Phần lớn trong lịch sử thuyết ưu sinh đã thể hiện bản thân nó như một phong trào để tiêu diệt "đơn vị di truyền" không tương ứng và khuyến khích nhân giống di truyền có chọn lọc thích hợp. Các tổ chức lớn của người theo thuyết biến đổi con người đã cưỡng chế một cách mạnh mẽ đến các chính sách như vậy và phản đối các giả định phân biệt đối xử, phân biệt chủng tộc cùng với các khái niệm ngụy khoa học rằng những cải tiến của thuyết ưu sinh có thể được thực hiện một cách trọn vẹn tong một khung thời gian có ý nghĩa thực tế thông qua sinh sản có chọn lọc của con người. Thay vào đó, một số nhà tư tưởng của học thuyết siêu nhân học lại ủng hộ một "thuyết ưu sinh mới" đó là một hình thức của thuyết ưu sinh tự do bình đẳng. Trong cuốn sách From Chance to Choice: Genetics and Justice (Từ cơ hội để lựa chọn: Di truyền học và Tư pháp - năm 2002) các nhà nghiên cứu luân lý sinh vật (không theo thuyết siêu nhân học) gồm: Allen Buchanan, Dan Brock, Norman Daniels and Daniel Wikler đã lập luận rằng trong các xã hội tự do có nghĩa vụ khuyến khích như mở rộng việc sử dụng các công nghệ nâng cao thuyết ưu sinh càng nhiều càng tốt (nếu như các chính sách như vậy không vi phạm quyền sinh sản của cá nhân nào hoặc gây áp lực quá mức đối với bậc cha mẹ khi sử dụng công nghệ này) để tối đa hóa sức khỏe cộng đồng và giảm thiểu sự bất bình đẳng có thể xảy ra từ cải tiến di truyền di truyền tự nhiên và di truyền không tự nhiên. Dù sao thì hầu hết các nhà theo tin vào học thuyết biến đổi con người cũng giữ quan điểm tương tự về sử dụng thuật ngữ "eugenics" (thuyết ưu sinh) hơn là thuật ngữ "germinal choice" hoặc "reprogentics" (lựa chọn phôi, mầm) để tránh nhầm lẫn hay làm mất uy tín của các thuyết khác và phong trào thuyết ưu sinh thực tiễn vào đầu thế kỷ 20.